Карьеру по линии Саниэпидемнадзора главный инфекционист страны Геннадий Онищенко начал еще в Советском Союзе. Получив профильное образование в Донецком мединститут, он трудился станционным врачом на железной дороге. Но благодаря своим знаниям, настойчивости шел к должности главного санврача РСФСР семимильными шагами.
Геннадий Григорьевич руководил службой в Московском метрополитене, работал в Министерстве путей сообщения, принимал участие в ликвидации чернобыльской катастрофы. На любом посту показывал себя как дотошного и трудолюбивого специалиста своего дела.